Hi ha qui té una predisposició genètica a patir un dèficit de lactasa que impedeix l'absorció correcta de lactosa. En aquest cas, es parla d'intolerància a la lactosa primària o genètica. És permanent i pot transmetre's de generació en generació.

La intolerància permanent sol estar lligada a la raça o al territori del qual es procedeix. En les cultures que sempre han consumit lactis, els individus tenen menys probabilitats de patir aquesta malaltia, perquè, per naturalesa, generen una major quantitat de lactasa. Al contrari, en zones o ètnies en les quals tradicionalment no s'ha consumit llet, hi ha més problemes a l'hora de digerir-la. Per aquest motiu, dins de la població mundial els casos d'intolerància a la lactosa són molt més nombrosos entre africans, indis, afroamericans i asiàtics que en els nord-americans caucàsics i europeus escandinaus.

L'edat a què es presenta aquesta afecció també varia en funció del grup ètnic. En realitat, abans que l'ésser humà es convertís en granger i es dediqués a processar productes lactis, la majoria de les persones no tornaven a consumir llet després de les primeres etapes de la infantesa, per la qual cosa la lactasa deixava de produir-se en el seu sistema digestiu. Aquesta és la raó per la qual en els bebès, independentment de les seves arrels, l'organisme produeix l'enzim lactasa en quantitat suficient per digerir tot tipus de llet, incloent la materna. Hi ha casos d'intolerància en bebès prematurs, però el més comú és que l'afecció es manifesti una vegada finalitzat el període de lactància. L'edat habitual d'inici són els cinc anys en persones de raça blanca, mentre que en la raça negra sol manifestar-se abans dels tres anys.

Però la intolerància a la lactosa també pot ser reversible. En ocasions, el dèficit de lactasa al tracte alimentari es deu a danys temporals en la mucosa intestinal per situacions transitòries, com ara un tractament de quimioteràpia, a un període de desnutrició, una infecció gastrointestinal, o per la presa de determinats medicaments, com ara l'aspirina, els antibiòtics o els antiinflamatoris no esteroides. També pot presentar-se una deficiència temporal de lactasa a causa d'infeccions virals o bacterianes, especialment en els nens, quan es lesionen les cèl·lules que recobreixen l'intestí. En tots aquests casos es tracta d'una intolerància secundària o adquirida, que pot aparèixer en la infantesa, en l'adolescència o en l'edat adulta, període aquest últim en el qual és molt comú tenir algun grau d'intolerància a aquest sucre.