Existeixen quatre tipus de proves mèdiques per diagnosticar la intolerància a la lactosa:

• Test de tolerància a la lactosa. Es realitza mitjançant anàlisi dels nivells de sucres en sang dues hores després d'haver ingerit 100 grams de lactosa. En condicions normals, al cap d'aquest temps hi ha d'haver un augment determinat de glucèmia. La seva absència suggereix un dèficit de l'enzim lactasa, encara que no és una confirmació gaire precisa, perquè certes patologies, com ara la diabetis mellitus o síndromes funcionals de buidament gàstric, poden invalidar el resultat d'aquest test.
• Prova d'hidrogen en la respiració després de la ingesta de lactosa. En els qui pateixen un dèficit de lactasa, la lactosa arriba sense digerir fins al còlon. En el seu trànsit per l'intestí els bacteris la degraden, cosa que produeix una gran quantitat d'hidrogen que passa a la sang per ser eliminat a través del sistema respiratori. En persones que pateixen intolerància, després d'ingerir 50 grams de lactosa dissolta en aigua, l'excreció d'hidrogen per mitjà de l'aire espirat augmenta considerablement durant unes quantes hores. És un test ràpid i bastant fiable.
• Biòpsia d'una mostra de l'intestí prim per comprovar, mitjançant el microscopi, la presència o no de l'enzim lactasa en la mucosa intestinal.
• Examen d'excrements per observar si es produeix un augment d'acidesa després de la ingesta de lactosa.